El día 29 de noviembre de 1985, los profesores adscritos al Área de Conocimiento “Didáctica y Organización Escolar” con docencia en la Facultad de Filosofía y Letras (Sección de Pedagogía) y en las Escuelas de Magisterio de Granada, Almería, Jaén, Ceuta y Melilla, se reunieron para solicitar al Rectorado de la Universidad de Granada la constitución del Departamento del mismo nombre del área. En ese momento, el Departamento quedó integrado por 3 Catedráticos de Escuela Universitaria, 10 Profesores Titulares de Escuela Universitaria, 3 Profesores No Numerarios de Facultad y 8 Profesores No Numerarios de Escuela Universitaria. El día 26 de mayo de 1986 se celebró la sesión constitutiva del Departamento a la que asistieron 23 profesores y 9 alumnos. Los profesores D. Óscar Sáenz y D. Manuel Román fueron elegidos Director y Secretario, respectivamente. Para integrar la primera Junta de Dirección fueron elegidos los profesores D. Pedro Simón de Vicente y D. Ulpiano Vicente y la alumna Dª. María José Yélamos.
Desde 1986 hasta 2020, el Departamento DOE ha tenido a su frente siete Directores: Dr. D. Óscar Sáenz Barrio (1986-1989); Dr. D. Luís Miguel Villar Angulo (1989-1992); Dr. D. Pedro S. de Vicente Rodríguez (1992-1993); Dr. D. Manuel Lorenzo Delgado (1993-1996), Dr. D. Severino Fernández Nares (1996-2002), Dr. D. Manuel Lorenzo Delgado (2002-2005); Dr. D. Eudaldo Corchón Álvarez (2005-2013); Dr. D. Manuel Fernández Cruz (2013-2020); y el Dr. D. Juan Manuel Trujillo Torres (2020- ), que lo es en la actualidad.
El Departamento DOE atiende a un total de 5694 alumnos inscritos en más de 50 asignaturas de cinco títulos de grado en los tres Campus (Cartuja en Granada, Campus de Ceuta y Campus de Melilla) en que se tiene docencia: Pedagogía, Educación Social, Logopedia, Maestro de Educación Infantil y Maestro de Educación Primaria.
El Departamento participa en la docencia de cinco programas de Máster universitario oficial: Formación del Profesorado de Educación Secundaria, Máster en Educación Inclusiva, Máster en Diversidad Cultural, Máster en Cultura de Paz, Máster en Investigación e Innovación en Currículum y Formación del Profesorado. Además, el profesorado de DOE constituye la línea de Currículum, Organización y Formación para la Equidad en la Sociedad del Conocimiento del Doctorado en Ciencias de la Educación de la Universidad de Granada.
En el curso académico 2020-2021, el Departamento está integrado por 77 profesores . En el año 2018, profesorado de DOE ha promovido la creación de un Instituto Interuniversitario de Investigación Educativa, junto a colegas de la propia Universidad de Granada y de la Universidad de Sevilla.